Johannes Mejer (* 1606 in Husum; † 1674) war ein schleswigscher Kartograph.
Mejer studierte in Kopenhagen. In der Universität lernte er die Grundlagen der dort seit Tycho Brahe gepflegten Kartografie kennen. Nach Husum um 1629 zurückgekehrt, betätigte sich Johannes Mejer als Lehrer, Gelegenheitsdichter, Kalendermacher und Kartograph. 1635 und 1636 war Mejer für den Herzog Friedrich III. von Schleswig-Gottorf tätig. Mit seiner Unterstützung machte er 1637 eine Studienreise nach Holland. In seinem Auftrag stellte Mejer im Jahr 1641 einen Atlas des Amtes Apenrade fertig. Unterstützung bekam er vom Apenrader Amtsverwalter Joachim Danckwerth. Erfolgreich meisterten Mejer die Aufgabe, die Schlei mit ihren Heringszäunen zu kartieren. Zwei Exemplare des Schlei-Atlas mit 40 bzw. 43 Karten sind überliefert. Eines befindet sich im Landesarchiv Schleswig-Holstein, das andere in der königlichen Bibliothek in Kopenhagen. 1639 zeichnete Johannes Mejer die wohl älteste brauchbare Karte der Insel Helgoland Nova Tabula Helgolandia. 1647 veranlasste König Christian IV., Johannes Mejer zum königlichen Mathematiker zu ernennen. Der dänische König beauftragte Mejer, zunächst die Westküste von Schleswig-Holstein aufzunehmen. 1652 erschien Caspar Danckwerths Neue Landesbeschreibung der zwei Herzogtümer Schleswig und Holstein mit 40 Karten und Stadtgrundrissen von Mejer. Vorbild für Danckwerths Landbeschreibung war der 1645 veröffentlichte Novus Atlas des Willem Janszoon Blaeu. – Die meisten Karten von Mejer wurden von den Brüdern Mathias und Nicolaus Petersen künstlerisch ausgestaltet und von den Brüdern Andreas und Christian Lorenzen – genannt Rodtgießer – in Kupferplatten gestochen.
Mejer fühlte sich zeitlebens dem großen dänischen Astronom Tycho Brahe verpflichtet. Dessen Weltbild hatte er sich zueigen gemacht und 1651 eine Darstellung davon in Kupfer stechen lassen. Johannes Mejer starb 1674. Der Nachlass von Mejer wird in der königlichen Bibliothek in Kopenhagen aufbewahrt. Die Karten der Herzogtümer Schleswig und Holstein von Mejer dienten noch Jahrzehnte namhaften Kartographen und Verlegern (Janssonius, Visscher, Schenk, Homann, Seutter, Lotter und anderen) als Basis. Die Witwe Danckwerths hatte die Kupferplatten im Jahre 1657 an den holländischen Verleger Joan Blaeu verkauft.